O Conselho é um órgão deliberativo na formulação e execução da política municipal de saúde. Inclusive nos aspectos econômicos e financeiros, nas estratégias e na promoção e controle social.

O funcionamento do CMS prevê reuniões plenárias mensais e extraordinárias, comissão executiva, comissões permanentes e temáticas. Sua composição é sempre paritária.